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La presente Tesis tiene como objetico diseñar y simular el sistema de control con el Microcontrolador Atmel 169, diseñar y simular el modelo de la incubadora por el método discreto y luego el sistema de control sistema PID discreto usando el software Matlab (Simulink). La presente Tesis tiene como objetico diseñar y simular el sistema de control con el Microcontrolador Atmel 169, diseñar y simular el modelo de la incubadora por el método discreto y luego el sistema de control sistema PID discreto usando el software Matlab (Simulink). En este proyecto se diseñó un sistema de control de temperatura de una incubadora microbiológica mantuvo una temperatura constante, el circuito de control utiliza controlador PID digital, para lograr controlar la temperatura deseada, el circuito de control PID se sintoniza mediante la regla de Nichols el cual tiene la función de mantener la temperatura constante de, por ejemplo 37C y no variar más de 102C. En Electrónica existen diversas maneras de controlar temperatura y corriente de resistencias calefactoras de una incubadora microbiológica. Sin embargo cuando se utiliza un controlador PID digital se puede controlar en forma precisa la temperatura.